Ifølge operationsofficer Charlotte Bjørnager Kjølby har fraværet af Hjortø været en udfordring, da Marinehjemmeværnet har måttet undvære deres primære platform til øvelser og beredskabsopgaver. Hjortø spiller en vigtig rolle i miljøberedskab, blandt andet ved at kunne udlægge flydespærringer i tilfælde af oliespild.
Den frivillige besætning bistår desuden Forsvaret med overvågning og skygning af skibe i dansk farvand samt modtagelse af allierede flådefartøjer. Med den øgede militære tilstedeværelse i Østersøen er Hjortø igen fuldt operationsdygtig, og selvom skibet har været i tjeneste siden 2005, forventes der nye fartøjer til flotillen inden for de næste par år.