Som storkunde får færgerederiet en stor mængderabat på havnetaksten. Rønne Havns bestyrelse besluttede for nogle år siden at mindske rabatten for at kunne hensætte flere penge til fremtidige investeringer i havnens infrastruktur. Foruden havneudvidelsen i 2019 har Rønne Havn blandt andet planer om at forlænge bølgebryderen og udvide ved Kanondalen.
Havnen begyndte at hæve priserne ved indgangen af 2018, mens Danske Færger A/ S stadig varetog færgedriften. Selskabet afviste at betale de nye havnetakster og fortsatte med at afregne med en betaling på det hidtidige niveau. Samme år i september trådte det igangværende udbud i kraft, og Molslinjen overtog sejladsen. Halvanden måned senere blev Danske Færger A/ S opkøbt af Molslinjen, der dermed overtog den eksisterende tvist med Rønne Havn A/ S.
Konflikten mellem havnen og rederiet blev offentligt kendt for to år siden. Dengang oplyste Færgen, at havnens fakturering var steget med 159,4 procent, hvilket konkret betød, at rederiet på årsbasis skulle betale 14,3 millioner kroner mod tidligere 5,5 millioner kroner til Rønne Havn.
Hverken Molslinjen eller Rønne Havn ønskede sidste år at gå i detaljer om takstsagen, der har været indbragt for Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen, som i 2019 afslog at behandle sagen. Rønne Havn oplyser, at havnedirektør Thomas Bendtsen ikke vil udtale sig, før der falder dom i Sø- og Handelsretten.