På sin hjemmeside fortæller By & Havn, at man siden 2018 har arbejdet med at kvalificere og miljøvurdere projektet. Det gælder blandt andet gennemstrømningen i Øresund og salttransport til Østersøen. I Østersøen tilstrømmer der ferskvand fra de omkringliggende landes floder, og tilførslen med saltvand fra Øresund har derfor betydning for saltbalancen samt dyre- og plantelivet i Østersøen.
Ifølge By & Havn medfører Lynetteholms etablering i Kongedybet en lille påvirkning af gennemstrømningen i Øresund og dermed også af transporten af salt til Østersøen.
"Det er beregnet, at vandgennemstrømningen af Øresund blokeres med 0,23-0,25 procent, og for transporten af salt til Østersøen er blokeringen 0,21-0,23 procent. Det er ligeledes beregnet, at effekterne af vandgennemstrømningen vil være udlignet efter cirka 10 år og salttransporten efter 13 år på grund af den klimarelaterede havvandstigning på cirka to centimeter," skriver By & Havn.