By & Havns egen konklusion er, at effekten af Lynetteholm er lille set i forhold til de klimarelaterede havvandsstigninger, som indtræder i de kommende år. Uddybning af sejlrenden Svælget syd for Middelgrunden vil desuden have en lille kompenserende effekt for den reducerede gennemstrømning som følge af Lynetteholm.
I maj talte TV2/Lorry med to eksperter, som advarede mod projektet.
– Den måde, hvorpå man har udformet byggeriet, gør, at jeg er sikker på, det vil få fatale konsekvenser for miljøforholdene i Østersøen, sagde oceanograf Morten Holtegaard Nielsen, der driver virksomheden Marine Science and Consulting.
Pensioneret civilingeniør Jacob Steen Møller var i sin tid leder af alle de marine miljøundersøgelser for både Storebæltsbroen og Øresundsbroen. Dengang besluttede man, at broforbindelserne ikke måtte påvirke gennemstrømningen til Østersøen.
– De skulle være så neutrale som muligt. Med Lynetteholm har man anlagt det synspunkt, at blokeringen er så lille, at den ingen betydning har, og oveni det at klimaforandringer vil modvirke den effekt, som Lynetteholm har. Det er en helt anden miljøstrategi, end man havde på de to store projekter, sagde han til TV2/Lorry.