John Thygesen og hustruen Randi Lindblad har hus i Allinge, og de deler hverdagen mellem Bornholm og Hellerup.
John Thygesen var fra 1998-2017 overlæge ved Københavns Universitets øjenafdeling ved Rigshospitalet.
Nu er han aktiv som øjenlæge i Købehavns Øjen- og Skeleklinik i Lyngby samt Østerbro Øjenlæge.
John Thygesen var allerede som ung læge i 1974 med til at starte de landsdækkende fyrværkerikampagner i Danmark. Kampagnerne har siden – blandt andet via tv og andre medier – været medvirkende til, at langt færre børn og unge i dag får øjenlæsioner i forbindelse med affyring af nytårsfyrværkeri. Kampagnerne fik lært børn og unge senere også voksne at bruge beskyttelsesbriller. Der sælges nu omkring 750.000 beskyttelsesbriller om året.