Natten mellem 5. og 6. april 1943 brændte fabrikken. Produktionen gik til Tyskland, og det var en almindelig antagelse, at branden var påsat af sabotører. Fabrikken blev dog hurtigt genopført.
I 1949 stiftedes Boværk som datterselskab af Bornholms Andels-Hørfabrik, som ville have en tørrestation for grøn lucerne i tilslutning til hørfabrikkens anlæg. De to fabrikker blev drevet side om side, indtil hørfabrikken stoppede i 1958.
I en kort periode slog fabrikken over på produktion af lucernemel, for så i 1961 at skifte over til produktion af grøntpiller og træaffald til spånpladeproduktion.
Produktionen fortsatte til 1990, hvor BAF overtog produktionen af grøntpiller og lejede sig ind i Boværks bygninger.